Vaikimisi kasutatakse .php .php3 ja .phtml laiendeid. Lisaks töödeldakse PHP failidena .inc lõpulisi faile, kuna paljud arendajad kipuvad selliste laienditega failides hoidma paroole ning omakirjeldatud funktsioone, millede käsitlemisel tavalise tekstifailina oleks nendes failides sisalduv programmkood ning paroolid kõigile nähtavad. See ei ole soovitatav, kuna serverite seadistused pole kõigil teenusepakkujatel ühesugused ja nii võib teie rakenduses olev sensitiivne info sattuda tarbetusse ohtu.