В программной платформе ZoneOS отсутствует модуль MySQLdb python. Это и является источником ошибки: No module named MySQLdb.
Вместо этого следует использовать модуль pymysql.
pymysql модуль можно установить в виртуальной среде python следующим образом:
virtualenv --python=python3 ~/.virtualenv/mysql ~/.virtualenv/mysql/bin/pip install pymysql ~/.virtualenv/mysql/bin/python your-script.py